Quando ci si trova di fronte a contestazioni, a controversie che riguardano l'autenticità o meno di uno scritto, la grafologia peritale e giudiziaria si occupa d'indagare sull'identità dello scrivente. Nella maggior parte dei casi la grafologia peritale esula dal tipico settore grafologico, difatti nelle perizie grafiche è poco richiesta l’analisi di personalità, ma viene richiesta l’analisi identificatoria  (cioè comparare scritture, firme o scritti vari per andare ad individuare l’autenticità o l’apocrificità di documenti).  Per far ciò il grafologo va ad indagare sul movimento della scrittura, sul meccanismo grafico e sulla comparsa di piccoli elementi caratteristici;  da questo punto di vista si trova in una posizione di vantaggio rispetto al perito calligrafo perché non va ad identificare solamente le uguaglianze tra tratti e lettere ma guarda il tracciato scritto anche nella sua totalità individuando una peculiare gestualità, un ritmo individuale ed una qualità del tratto (che il grafologo sa essere importantissimi perché vanno ben oltre al dato puramente visivo e misurabile).
Nel settore della grafologia peritale, il consulente grafologo per poter operare, oltre alle nozioni di base sulla grafologia, deve essere competente sulle leggi di fisica e fisiologia della scrittura, sulla neurofisiologia del gesto grafico, nel campo della legislazione peritale, della psicologia giuridica e conoscere le varie tecniche peritali.
Il perito grafologo, per poter svolgere al meglio le sue analisi, necessita di strumenti di lavoro come lente di ingrandimento, microscopio, scanner e buona macchina fotografica per micro e macro fotografie. Nel campo della grafologia peritale ci sono poi ulteriori strumentazioni molto sofisticate che permettono l’ispezione di carta ed inchiostri: lampade ad infrarosso, fibre ottiche, luci ultraviolette ed attrezzature sempre più all’avanguardia che possono indagare con bassissimo margine di errore.